Mangfoldighed refererer til variationen af bakteriearter til stede i tarmens mikrobiom. En højere mikrobiologisk mangfoldighed er generelt forbundet med bedre fordøjelsessundhed, immunfunktion og modstandsdygtighed over for patogener. Lav mangfoldighed kan derimod være forbundet med inflammation, dårlig næringsabsorption og forskellige kroniske sygdomstilstande.